الف) امام رضا(ع) احساس کرد نپذیرفتن ولایت عهدی، تنها به قیمت جان او تمام نمی شود، بلکه جان تمام شیعیان و علویان هم به خطر می افتد. اگر در آن شرایط برای امام(ع) جایز بود جان خود را به خطر اندازد، امام برای علویان و شیعیان چنین روا نمی دانست.
چنانچه امام با رد مقام ولایت عهدی،خود و پیروانش را به نابودی می کشاند، کفر و الحاد همه جا را فرا می گرفت و در نتیجه مأمون به اهداف شوم خود دست می یافت؛
ب) امام دریافت پذیرش ولایت عهدی، یک اعتراف ضمنی از طرف عباسیان است که علویان هم در این حکومت سهم شایسته ای دارند؛
ج) انگیزه دیگر اینکه عموم مردم تلاش اهل بیت را برخلاف شایعات، در صحنه سیاست ببینند و گمان نکنند که آنان عالمانی هستند که فقط درگوشه ای به عبادت می نشینند و در امور سیاسی دخالت نمی کنند؛
د) دیگر اینکه امام فرمود: همان انگیزه ای که جدم امیرالمؤمنین علیه السلام را وادار به شرکت در شورای شش نفره نمود، مرا نیز به پذیرش ولایت عهدی واداشت.
در پذیرش شروط ولایت عهدی، امام به خوبی به توطئه ها و هدف های پنهان و آشکار مأمون آگاهی داشت. گفتار و رفتار حضرت حکایت از اجبار و عدم رضایت او در این پذیرش نمادین می کرد و به همین جهت ولایت عهدی را با شرایط خاص زیر پذیرا شد:
امام به هیچ وجه در کار امر و نهی و عزل و نصب و کارهای حکومتی دخالت نکند؛
به امر قضاوت و داوری نپردازد؛
هیچ رسم و سنتی را جا به جا و نقض نکند؛
بدیهی است، این شرایط خط بطلان بر اهداف مأمون کشید و این امر موجب شد تا حکومت نتواند کارها را به نام امام پیش ببرد و امور را به صورت شرعی و دینی جلوه دهد.
از طرف دیگر، چون موضع امام (ع) عدم اعتراف به قانونی بودن نظام حکومتی او بود، به همین دلیل و با چنین شرایطی دیگر مأمون قادر به اجرای نقشه هایش به نام امام (ع) نبود.
پس از اینکه مأمون به عظمت معنوی امام در جامعه پی برد و از طرفی با اعتراض عباسیان بغداد درمورد واگذاری ولایت عهدی به حضرت مواجه گردید،
تصمیم گرفت امام (ع) را از سر راه خود بردارد.
مأمون برای شکستن شخصیت علمی حضرت، اقدام به تشکیل مجالس مناظره و مباحثه با دانشمندان ادیان مختلف نمود که با حضرت رضا(ع) به مناظره و مباحثه بنشینند، شاید از این رهگذر بتواند در مباحثات علمی که بین آنها به وجود می آید شکستی برای حضرت ایجاد کند و از محبوبیت آن وجود مقدس در بین مردم بکاهد.
سرانجام توفیق نیافت و دانشمندان برجسته تمام ادیان و مذاهب از مراکز علمی جهان با امام (ع) به بحث و گفتگو نشسته و همه عالمان مذاهب و صاحبان افکار و آرای مختلف به بزرگواری و احاطه علمی آن حضرت اقرار و اعتراف نمودند. حضرت در تمام مباحثات و مناظرات با دلایل قاطع علمی و منطقی و با زبان خودشان جواب داده و همه را محکوم و مجاب نموده اند.
پاسخ امام (ع) به مسائلی علمی و فلسفی با بیانی رسا و منطقی قوی در حضور مأمون، چنان موجب شگفتی وی شد که لب به سخن گشود و گفت: یا اباالحسن! در روی زمین کسی جز شما نیست که این گونه سخن نیکو بگوید.
پیروزی های حضرت در مباحثات، مأمون را نا امید کرد، وی خود را در تحقق اهدافش شکست خورده و ناکام دید. در حالی که روز به روز بر عظمت امام رضا(ع) افزوده می شد و حقانیت فرزند پیامبر(ص) روشنتر می گردید سرانجام بعد از گذشت دو سال از ورود امام به خطه خراسان ، مأمون در روز جمعه آخر صفر سال 203 هـ ق. اقدام به جنایتی هولناک نمود و آن امام همام را که حدود پنجاه و پنج سال از عمر پر برکتش سپری شده بود در توس بوسیله انگور زهرآلود مسموم کرد و به شهادت رساند. آنگاه از باب عوام فریبی ، خود را عزادار نشان داد و امر کرد تا پیکر مطهر امام(ع) را در سرای حاکم عباسی (بقعه هارونی) به خاک بسپارند.
پس از شهادت حضرت رضا علیه السلام و دفن در بقعه هارونی(حرم فعلی) ، بنا به پیشگویی آن حضرت ، خراسان ، مطاف فرشتگان الهی و قبله نیاز و زیارتگاه شیعیان جهان شد و تا انقراض عالم چنین خواهد بود.